S očkováním proti klíšťové encefalitidě je nejlepší začít v zimě, aby bylo plně účinné už v časném létě, kdy začne naplno aktivita klíšťat. Očkuje se třemi dávkami vakcíny. Potřebná hladina protilátek v organismu vzniká po aplikování prvních dvou, ale je nutné absolvovat celé třídávkové základní očkovací schéma, aby byl zaručen ochranný účinek.